東京都牛込区(現在の新宿区)で、後に陸軍軍医総監となる藤田嗣章の次男として生まれました。東京美術学校西洋画科を卒業後、1913(大正２)年、渡仏。パリでは、滑らかな乳白色の下地に、面相筆でよどみない輪郭線を描いた裸婦像で画風を確立し、高く評価されました。1931(昭和６)年、パリを離れ、中南米を歴訪。この頃から、画風は豊かな色彩表現が主流となります。1933(昭和８)年には日本に帰国。二科会員となり、東京、大阪、京都で壁画を制作しました。
　秋田市の資産家・平野政吉とともに美術館の建設を構想。1937（昭和12）年には壁画《秋田の行事》を完成させました。戦時下は戦争画を制作。敗戦後の1949(昭和24)年、日本を離れ、渡米。翌年、パリへ戻りました。フランス国籍を取得し、その後、カトリックの洗礼を受けました。ランスの礼拝堂を設計し、内部のフレスコ画も制作しています。1968(昭和43)年、チューリッヒで没。

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